有鳞目
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Oppel, 1811
化石时期： 侏罗纪 - 全新世
有鳞目是现存爬行动物中种类最多的一类,分布遍及世界各地,形态多样,其一直被广泛应用于生态学、生物地理学及探讨物种进化的研究.但到目前为止有鳞目内部的系统发生关系一直存在许多争议.综述了采用古生物学、形态学、分子生物学等研究方法所提出的有鳞目系统发生关系的多种观点,以期为该类动物的系统发生研究提供参考资料.
传统上，有鳞目分为三个亚目：
蜥蜴亚目Lacertilia
鬣蜥下目 Iguania
壁虎下目 Gekkota
石龙子下目 Scincomorpha
复舌下目 Diploglossa（又译蛇蜥下目）
厚背下目 Platynota（又译巨蜥下目）
蚓蜥亚（下）目 Amphisbaenia
蛇亚目 Serpentes
新蛇下目 Alethinophidia
盲蛇下目 Scolecophidia
原蛇下目 Henophidia
由于蛇与蚓蜥是从蜥蜴演化而来，蜥蜴被视为是并系群。在较新的分类法中，有鳞目被分为以下亚目，但彼此的演化关系尚未定论：
鬣蜥亚目
Iguania（鬣蜥、变色龙、飞蜥）
硬舌亚目 Scleroglossa
壁虎下目 Gekkota
蛇蜥下目 Anguimorpha（巨蜥、希拉毒蜥、蛇蜥）
石龙子下目 Scincomorpha（石龙子、鞭尾蜥、以及欧洲常见的蜥蜴）蛇亚目 Serpentes
真蛇下目 Alethinophidia（蝰蛇、蚺、眼镜蛇）
盲蛇下目 Scolecophidia
蚓蜥亚目 Amphisbaenia
近年有科学家提出另一个名为Toxicofera的演化支。这个理论上的演化支多由有毒物种构成，包含有鳞目的接近60%物种，包含：
蛇亚目 Serpentes
鬣蜥亚目 Iguania
蛇蜥下目 Anguimorpha
毒蜥科 Helodermatidae（希拉毒蜥、墨西哥毒蜥）婆罗蜥科 Lanthanotidae（鳄蜥、蛇蜥）
巨蜥科 Varanidae（科莫多龙）
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